元培学院尊重学生的自由选择。元培学生可在学校教学资源允许的条件下，自由选择全校各个专业的任意课程。在对北大的学科状况、专业设置、培养目标有所了解后，元培学生于第三学期在导师指导下根据能力和志趣在全校范围自主选择专业。

元培实行弹性学习年限，为学生发展提供时间保障。学生可根据自身跨学科和个性化学习安排，申请提前—年或推延—至两年毕业。